Nach Funden in der Umgebung des Ortes kann der Schluss gezogen werden, dass auch Jahnkendorf eine wendische Siedlung war. Im Jahre 1210 wurde der Ort erstmals urkundlich erwähnt. 1901 gehörte Jahnkendorf zum Dominalamt Ribnitz, es lebten im Ort 8 Erbpächter, darunter 1 Schmied, 1 Müller, 1 Krüger, 8 Büdner und 4 Häusler. Zu dieser Zeit gab es eine Schule und eine Industrieschule. Im Jahre 1913 gehörte Jahnkendorf dann schon zum Standesamtsbezirk Marlow und hatte 87 Einwohner. Diese Einwohnerzahl hat sich bis heute, da 92 Einwohner in Jahnkendorf leben, kaum geändert.
Nach dem Krieg kamen viele Umsiedler nach Jahnkendorf. In den 50er Jahren wurde schon die LPG gegründet, sie trug den Namen „Neues Leben". In dieser Zeit wurde ein Torfwerk betrieben, in dem Torf in den Recknitzwiesen als Brennmaterial gewonnen wurde. Die gewaltigen Torfmassen hatten sich in der Nacheiszeit gebildet.
1950 gab es in Jahnkendorf eine Poststation, eine Gemeindeschwesterstation, eine Gastwirtschaft, eine Schmiede und eine Konsumverkaufsstelle. Die eigenständigen Gemeinden Poppendorf, Jahnkendorf und Allerstorf schlossen sich 1959 zu einer Großgemeinde zusammen.
Das Ortsbild Jahnkendorfs wurde schon immer durch die Landwirtschaft bestimmt. Die Werkstatt, die Wirtschaftsgebäude und Stallanlagen werden heute zum Teil noch genutzt und die Agrargenossenschaft Jahnkendorf hat hier ihren Sitz. Sie bewirtschaftet einen großen Teil der Weiden im Recknitztal und des Ackerlandes der Umgebung. Eine moderne Siloanlage und Getreidetrocknung ermöglichen die Lagerung der geernteten Körnerfrüchte bis zur Vermarktung.
Schon vor der Wende entstanden in Jahnkendorf entlang der Dorfstraße schmucke Eigenheime. In den letzten Jahren erhielten viele Häuser eine neue Fassade, es wurde renoviert und neu gebaut.
Ein kombiniertes kommunales Gebäude wird heute zu einem Teil durch die Gemeindefeuerwehr genutzt, der andere Teil kann für Veranstaltungen von Vereinen aber auch privaten Interessenten gebucht werden.